Eureka Seven es una historia situada en un futuro distante y en otro planeta, donde los humanos que se establecieron alli sufrieron un misterioso fenomeno llamado "Verano del Amor" algunos años antes, pero de acuerdo con la historia oficial, fue detenido por un cientifico militar llamado Adrock Thorston que dio su vida para proteger a la humanidad.
Renton Thorston, el protagonista de esta serie y el hijo de Adrock, es un chico de 14 años cuyo idolo es Holland, el lider de un grupo de mercenarios conocido como Gekko State, que aparentemente son solo una guerrilla independiente enfrentada a un gobierno opresivo y beligerante, pero su objetivo real es conseguir contactar con los "Coralians", unos misteriosos seres que tambien habitan este mundo, con el objetivo de detener la guerra que la Federacion Unida tiene previsto iniciar contra ellos para conseguir el absoluto control del planeta.
La historia gira alrededor de la entrada de Renton en Gekko State y su relacion con la misteriosa Eureka, una chica miembro de Gekko State y piloto del LFO Nirvash typeZERO. Cuando Renton y Eureka pilotan juntos el Nirvash, potenciado con el misterioso "Amita Drive", se vuelve practicamente invencible y puede inducir un fenomeno que provoca una gran devastacion caracterizado por un arcoiris de energia, conocido como "Las Siete Olas"