Fate/stay night cuenta la historia de Shirou Emiya, un mecánico aficionado que asiste a la escuela Homurabara Gakuen en la Ciudad Fuyuki. Hace diez años, Shirou fue atrapado en un sinistro masivo que incinero a su familia y consumió una gran porción de la ciudad; Un enigmatico hombre lo encontró agonizando y lo ayudo. Este hombre, Kiritsugi Emiya, adopto a Shirou, Y eventualmente revelo su identidad como Mago. Kiritsugu también contó a Shirou de su fallido sueño de convertirse en "Héroe de la Justicia", un guardián de la humanidad que podría salvar cada vida en peligro. Por petición de Shirou, Kiritsugu intento enseñar a su hijo magia, pero Shirou no tenía alentó para la mayoría de los hechizos fundamentales. Cuando Kiritsugu murió, Shirou dedico su vida y su magia a cumplir el sueño de Kiritsugi.
Shirou desconocía que, Ciudad Fuyuki es el escenario de la violenta y secreta Guerra entre competentes magi. Por los últimos dos siglos, siete magos se juntan y participan en la real batalla, cada uno apostando su propia vida para obtener el Santo Grial, un Cáliz Legendario capaz de cumplir cualquier deseo. Las últimas cuatro Guerras del Santo Grial normalmente han ocurrido cada sesenta años, y la más reciente hace diez años, pero la quinta guerra ha comenzado prematuramente. Estos hechiceros, conocidos como Masters (amos/maestros), son asistidos por entes espirituales conocidos como Servants (sirvientes), quienes son reencarnaciones de almas legendarias de la historia de la Humanidad. Estos Sirvientes, aparte de poseer habilidades super-humanas, utilizan los Noble Phantasms (宝具 Hougu), que son artefactos o habilidades con un increíble potencial mágico. El poder interno de un Noble Phantasm puede ser sacado invocando su verdadero nombre, pero los Noble Phantasms famosos usualmente delatan la verdadera identidad del Sirviente, disminuyendo la ventaja de combate del Sirviente. Leyendas especificas pueden ser convocadas con ayuda de un catalista Solo un individuo puede poseer el Santo Grial, así que Amo y Sirviente deben pelear contra los equipos rivales a muerte. Solo un Sirviente de cada clase puede ser convocado cada Guerra de una de las siete clases: Saber, Archer, Lancer, Berserker, Rider, Assassin, y Caster.
Una noche, después de limpiar el Dojo de Arquería de la escuela, Shirou descubre a dos Sirvientes, Archer y Lancer, peleando en el patio. Para evitar exponer el secreto de la Guerra, Lancer persigue y mata a Shirou. Por razón desconocida, la compañera de clase de Shirou, Rin Tōsaka, usa un pendiente mágico para revivirlo. Herido y confundido, Shirou regresa a su casa, pero de nuevo es atacado por Lancer. Shirou débilmente intenta defenderse pero es sobrepasado en poder por el Sirviente y cae en el sótano. Arrinconado, Shirou se prepara para lo peor; pero antes de que Lancer pueda darle el golpe mortal, una joven vestida con armadura de alabastro lo ahuyenta. Se presenta ante Shirou como Saber, y lo saluda con las palabras: "¿Te pregunto, eres tú mi Amo?"